기효간의 본관은 행주幸州이고 자는 백고(伯顧), 호는 금강錦江 또는 인재忍齋이다. 아버지는 호조판서로 추증된 고흥군(高興君) 기대유(奇大有), 어머니는 함양오씨이다. 기효근奇孝謹의 형이며 장성에 정착한 기원의 후손으로 아곡에서 태어났다.

그는 성품이 온화하고 외모는 엄격하였다. 이는 소학의 법도를 널리 익혔기 때문이다. 그는 효성도 지극했다. 부친상을 당하여 죽을 마시며 3년 동안 시묘를 살았다 하여 산 이름을 제청산祭廳山이라 하였다.

김인후金麟厚와 이항李恒의 문인이며 기대승의 문하에도 출입하였다. 기효간은 시간이 있는대로 종숙되는 고봉 기대승(1527~1572)에게 찾아가 학문의 의문점을 토의하였다.

기효간은 한평생 조용히 살았다. 이는 증조인 복재 기준의 기묘사화가 있었기 때문이었다. 그 영향으로 일생동안 벼슬길에 나가지 않고 학문에만 전념하였으며 후진양성에 주력하여 호남의 은덕군자隱德君子로 불렸다.

특히 하서 김인후(1510~1560)에게 배웠는데 하서는 내 정통을 이을 사람은 오직 그대라 하며 다음과 같이 시를 지어 주었다.

하늘과 땅 사이에 두 사람이 있으니

공자의 참된 기운 주자에게 전하여졌네.

학문에 잠긴 마음 의혹하지 말고

병들어 쇠약한 이내 몸 위로하게.

김인후가 그에게 지어준 "우주의 중간에 두 분이 있는데, 공자는 원기이고, 주자는 참됨이다."라는 시는 도를 전해 받은 시로 알려졌다. 동문인 김천일, 정철, 변이중 등과 교유하였으며 그의 문하에서 오희길 등의 학자가 배출되었다.

기효간은 임진왜란 때인 1592년 김경수(金景壽) 윤진(尹軫) 김홍우(金弘宇) 이수일(李守一) 등과 함께 각 고을에 격문을 보내어 의병을 모아 11월 초단(草壇)을 설치한 바 있다. 김경수를 맹주로, 김제민(金齊閔)을 의병장으로 삼았는데 1902년 호남의 유림들이 건립한 남문창의(현 북일면 오산리) 에 77선열(승려 9명, 노복 1명) 이 기록돼 있다.

사후에는 호조참의에 추증되었으며 장성 추산서원(秋山書院)에 제향되었다.

장성군 황룡면 이곡리(아치실)에 그의 제각과 유적비, 묘갈명 등이 있다.

조선 중기의 시인 백광훈(白光勳, 1537~82)의 옥봉시집玉峰詩集에 기효간에게 보내는 시가 있다.

贈奇伯顧(증기백고)
백고(伯顧) 기효간(奇孝諫)께

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千里空驚夢裡人(천리공경몽리인)  (어젯밤엔 당신께서) 천리 먼 길을 건너 (제) 꿈에 나오시어 놀랐습니다.
聚散元來無定算(취산원래무정산)  (허나) 사람의 만나고 헤어짐은 (그렇게) 늘 뜻밖인 거지요
海城花柳一番新(해성화류일번신)  바닷가 마을에서의 멋들어진 풍류(라) 더욱 새롭더이다